Vấn đề từng gây khó khăn trong việc bảo vệ tốt khu bảo tồn là chưa giải tỏa hết các hộ dân sống gần. Họ sống rải rác, khoảng 80 hộ với chừng 300 người chủ yếu bằng nghề nông và đánh bắt cá. Đây là nguyên nhân gây cháy rừng và săn bắt động vật quý hiếm, do họ gây nhiều vụ cháy do đốt đồng và đốt ong lấy mật.[13] Bên cạnh vấn đề người dân thì từ 2003 đến khoảng 2007, ban giám đốc Nông trường Mùa Xuân và ban giám đốc khu bảo tồn đã cho đốn khoảng 1.300 ha rừng tràm và đốn sạch 71 ha rừng keo tai tượng, bạch đàn, tràm bông vàng,...mà theo họ là theo chính sách của Ủy ban nhân dân tỉnh để lấy gỗ, rồi sau đó đào ao nuôi cá, gây mất mát lớn cho khu bảo tồn.[14]

Lung Ngọc Hoàng ngày nay đang được quy hoạch và phát triển theo hướng kết hợp giữa bảo tồn thiên nhiên và phát triển du lịch.[3] Giám đốc Khu nghỉ dưỡng Ricefield Logge ở xã Trường Long, huyện Phong Điền, Cần Thơ là Stiermann Marrin từng phát biểu: "Lung Ngọc Hoàng nên là hạt nhân trong toàn bộ chiến lược phát triển du lịch của tỉnh Hậu Giang".[9] Các hoạt động kinh tế trong và quanh khu bảo tồn bao gồm gác kèo ong lấy mật, trồng các loại rau rừng, bông súng, câu cá đồng, nghỉ dưỡng, tham quan vườn cây ăn trái.[15] Ngoài ra, đây cũng được xem là một trong những "lá phổi xanh" của đồng bằng sông Cửu Long.[16][17][18][19]